房地合一稅2.0自110年7月實施後，特定股權交易納入房地合一稅適用範圍。
財政部於111年初頒布最新的釋令中，明定個人及營利事業「直接或間接持有國內外營利事業過半數股份或出資額」認定標準，家族企業及其股東如有股權移轉計劃，於判斷是否符合房地合一稅適用要件時，除本身的持股外，關係企業及配偶、二親等以內親屬之持股亦須合併計算。
由於關係人之定義擴大到二親等以內親屬，對於股權交易是否視同房地交易，應進了解交易日前一年內的持股情形及整體持股架構。
而個人符合特定股權交易時，不論有無應納稅額，應於交易日30日內自行填具申報書，檢附契約書影本及其他有關文件，向該管稽徵機關辦理申報；其有應納稅額者，應一併檢附繳納收據，納稅義務人應特別注意，以免遭稽徵機關補稅及裁罰。
財政部臺北國稅局(2023-07-27新聞稿)舉例：
甲君於111年間交易A公司股份600,000股，A公司非屬上市、上櫃或興櫃之公司，發行股數為1,500,000股，因甲君持有A公司股份800,000股，已超過該公司發行股數之半數，且A公司股份之價值50%以上係由中華民國境內之房屋、土地所構成，該局乃就甲君交易A公司股份核定房地合一課稅所得6,000,000元，並以甲君係於100年投資A公司取得上述股份，乃以持有股份已超過10年，適用稅率為15%，核定應補稅額900,000元。甲君不服，申請復查，主張A公司房地均係於80年間取得，本件應無核課房地合一所得稅規定之適用，經該局復查決定以甲君交易A公司股份既已屬於所得稅法第4條之4第3項規定之符合一定條件股份或出資額要件，自應視同房地交易核課房地合一稅，而予維持原核定。